Werner Wunderli a étudié la microbiologie et la biochimie à l'EPFZ. Déjà durant son post-doc à la Duke University de Caroline du Nord (USA), il se spécialise dans le domaine de la virologie. Plus tard dans sa carrière, il occupe un poste de direction chez Nestec à Vevey. Il travaille ensuite au sein du groupe de recherche du Prof. Krech à St. Gallen puis du Prof. Lindermann à Zürich. De 1992 à 2007, Werner Wunderli dirige le Centre National de Référence de l'Influenza (CNRI) des HUG à Genève. Il prend ensuite officiellement sa retraite mais reste cependant actif au sein du CNRI en tant que conseillé jusqu'à fin 2011. Durant cette période de retraite active, il occupe également la place de suppléant à la direction de l'institut de virologie médicale à l'université de Zurich.
