Après l'obtention d'un diplôme de sage-femme à Besançon en 1982, Christine Pernot exerce son activité en tant que sage-femme aux HUG. Elle est ensuite successivement enseignante sage-femme à l'Ecole Le Bon Secours à Genève, coordinatrice de la formation en Soins Intensifs de Néonatologie en partenariat avec les HUG et est nommée responsable adjointe de la formation sage-femme à l'Ecole Le Bon Secours à Genève. Parallèlement, Christine Pernot obtient le diplôme d'enseignante en soins infirmiers de l'École Supérieure d'Enseignement Infirmier à Lausanne, suit une formation de management et obtient en 1995 un diplôme national d'acupuncture traditionnelle chinoise (Faculté Libre d'Énergétique Traditionnelle Chinoise, Oullins Lyon). En 1999, elle obtient un diplôme en homéopathie (Centre Genevois d'Homéopathie Uniciste) et en 2001 un diplôme de massage traditionnel chinois (École SHAO YANG, Lausanne). Après avoir été éducatrice auprès de mineurs requérants d'asile au sein de la Fondation Officielle de la Jeunesse à Genève, elle poursuit, de 1997 à 2004, son activité professionnelle en tant que thérapeute indépendante en médecine traditionnelle chinoise et sage-femme au Centre Art et Santé à Genève et au centre de Santé de la Blécherette à Lausanne. Elle est également membre de la commission d'éthique au DGO, CHUV à Lausanne. Conseillère clinique en soins prénatals chez Johnson et Johnson jusqu'en 2006, sage-femme cheffe à la Maternité de la Clinique Générale, Garcia-Ste Anne à Fribourg de 2006 à 2007, elle est actuellement sage-femme formatrice et conseillère de vente au sein de Medela.
Christine Pernot est également membre de nombreux groupes de travail et commissions.